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Les bactéries se trouvent donc partout dans la nature (sol, jardin, boue, excréments, mares, égouts, appareil digestif …). On les retrouvera dans l'enceinte fermée ou se déroule la méthanisation, le digesteur, pour peu qu'on ensemence un tout petit peu celui-ci. D'autre part des études ont montré que les populations de bactéries sont très interdépendantes, certaines éliminent le dioxygène, toxique pour celles-ci, d'autres fournissent de la nourriture de base pour la production de méthane. Le résultat est qu'à l'intérieur du digesteur, une population équilibrée se construit à partir d'une relation d'interdépendance, appelée symbiose, entre deux types de bactéries. Les conditions indispensables à la synthèse de méthane sont : -un milieu anaérobie : Seule la décomposition à l'abri de l'air conduit à la formation de méthane. -une température permettant l'activité microbienne dépendant étroitement de la température; vers 10°C, cette activité est pratiquement nulle, au dessus de 65°C les enzymes sont détruites. L'activité biologique est visible par la production de gaz. Elle est illustrée par les graphiques ci-contre (figure 4 et 5 ). On s'aperçoit qu'il existe deux pics de production optimum, l'un en phase dite mésophile et l'autre en phase dite thermophile. Entre 10°C et 20°C on parle de psychrophilie. L'activité microbienne étant plus intense à certaines températures, on comprend que pour une même quantité à digérer, la durée de digestion sera d'autant plus courte que la fermentation sera intense. Le biogaz est un mélange de méthane et de dioxyde de carbone. Les proportions relatives de ces gaz dépendent de la nature du substrat fermenté (voir composition moyenne du biogaz : tableaux en annexe).
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